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脈沖場凝膠電泳（PFGE）的原理大致為：

細菌包埋于瓊脂塊中，用適當的內切酶在原位對整個細菌染色體進行酶切，酶切片段在特定的電泳系統中通過電場方向不斷交替變換及合適的脈沖時間等條件下而得到良好的分離。

PFGE中內切酶的選用至關重要，所采用的內切酶常為寡切點酶（low frequency cleavagerestric-tionendoucleases），這種酶切后的片段少而大，適合于作PFGE電泳。McCllelland等通過對細菌的PFGE電泳圖譜的內切酶的選擇研究發現，四核苷酸CTAG在許多GC含量>45%的細菌染色體中是很少見的，在他們所試驗的16個細菌的染色體中，被1個或多個可識別CTAG位點的內切酶酶切，每100000bps中不到一次，這些酶的識別序列分別為：XbaⅠ（TCTAGA），SepⅠ（ACTAGT），AvrⅡ（CCTAGG）和NheⅠ（GCTAGC）。同樣地，在許多含G+C<45%的基因組，CCG和CGG更少。這樣用SmaⅠ（CCCGGGG）、R srⅡ（CGGWCGG）、NaeⅠ（GCCGGC）和SacⅡ（CCGCGG）進行酶切，對產生平均超過100000bps片段是非常合適的。

對PFGE結果的觀察，可因不同研究者而出現較大差異，據此，Tenover等經過多年的研究提出了PFGE的解釋標準：

(1)相同（indistinguishable）：酶切圖譜間有同樣的條帶數，且相應條帶大小相同，流行病學上則認為相同，這種經PFGE證實的結果，用其它方法檢測不可能顯示實質性的差異。

(2)緊密相關（closelyrelated）：PFGE試驗中，其它克隆株與暴發克隆株有一致的單一基因事件的改變，如點突變、插入或DNA缺失。典型的情況下，這種變化可導致2～3條帶的差異，當一些分離菌株被多次重復培養或自同一病人多次分離時可觀察到這種現象。

(3)可能相關（possiblyrelated）：兩個獨立的基因情況所致的一致的差異，如出現了4～6條帶差異，此時能用簡單的插入或DNA缺失或限制性位點的獲得或缺失來解釋。這些菌株與暴發株間遺傳基因不緊密相關，流行病學上也不大可能相關，在長于6個月時間及大范圍的暴發中收集的菌株可出現這類情況。

(4)不相關（unrelated）：1個分離菌株通過3個更多個獨立的基因事件所致的一致的改變，其PFGE圖譜與暴發克隆株樣式不同，則可認為與暴發克隆株不相關（一般總有7個或更多個條帶的差異）。典型情況下，這一分離株常只有少于50%的良好的分離的片段出現在暴發株圖譜樣式中。