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生物資訊

致命癌癥基因組全解析

作者:admin 來源:Nature 發(fā)布時(shí)間: 2015-01-29 14:38  瀏覽次數(shù):
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Nature雜志一月二十八日發(fā)表了迄今為止最全面的頭頸癌基因組測(cè)序分析結(jié)果。癌癥基因組圖譜計(jì)劃(Cancer Genome Atlas,TCGA)的科學(xué)家們揭示了人乳頭瘤病毒(HPV)和抽煙對(duì)頭頸癌的影響,比較了頭頸癌與其它癌癥的異同,為頭頸癌的診斷和治療提供了新的方向。

HPV是美國最常見的性傳播病毒之一,HPV引發(fā)的頭頸癌正在逐年增加。FDA批準(zhǔn)的HPV疫苗能夠預(yù)防HPV感染,但病毒感染與癌癥發(fā)展之間往往存在很長的時(shí)間間隔。人們亟需理解HPV陽性頭頸癌的分子改變,并在此基礎(chǔ)上開發(fā)新的治療策略。

“我們揭示了HPV陽性和HPV陰性頭頸癌之間的差異,有助于反思目前對(duì)頭頸癌的處理方式。”文章的資深作者,北卡羅來納大學(xué)的副教授D. Neil Hayes說。

研究人員對(duì)279例未經(jīng)治療的頭頸鱗狀細(xì)胞癌(HNSCC)進(jìn)行了基因組分析,其中大多數(shù)樣本是口腔癌(61%)和喉癌(26%),約80%的樣本來自于吸煙者。

這些頭頸癌樣本只有25%與HPV感染有關(guān)。TCGA研究人員發(fā)現(xiàn),HPV引起的腫瘤中存在FGFR3和PIK3CA基因突變,這些突變也出現(xiàn)在與抽煙有關(guān)的腫瘤中。EGFR(表皮生長因子受體)基因在HPV陰性腫瘤中頻繁突變,但在HPV陽性腫瘤中很少出現(xiàn)異常。這樣的信息有助于人們開發(fā)新抗癌藥物和生物學(xué)指標(biāo)。

研究表明,超過70%的頭頸癌存在生長因子受體(EGFR, FGFR, IGFR, MET, ERBB2, DDR2)、信號(hào)分子(PIK3CA, HRAS)和細(xì)胞分裂調(diào)控(CCND1)基因的突變。這些基因在細(xì)胞生長和增殖中起到了重要作用,已經(jīng)成為了藥物開發(fā)的靶標(biāo)。

研究人員還發(fā)現(xiàn)了頭頸癌抵抗藥物的新線索。在與抽煙有關(guān)的頭頸癌中,癌癥耐藥性與FADD和BIRC2額外拷貝、CASP8基因突變或缺失有關(guān),涉及了程序性細(xì)胞死亡。在與HPV有關(guān)的癌癥中,癌癥抗性與TRAF3基因缺失、E2F1基因額外拷貝有關(guān)。

這項(xiàng)研究將頭頸癌與其它癌癥進(jìn)行了比較,揭示了癌癥發(fā)展的通用路徑,發(fā)現(xiàn)了潛在的治療機(jī)會(huì)。“頭頸癌的基因組與肺鱗狀細(xì)胞癌和宮頸癌很相似,這讓我們很意外。這些癌癥形成于不同的器官,但在遺傳學(xué)上卻很類似,”Dr. Hayes說。這些相似的遺傳學(xué)異常,發(fā)生在幫助細(xì)胞應(yīng)對(duì)損害和壓力的通路中。

這項(xiàng)大規(guī)模癌癥分析有助于建立各種頭頸癌的基因組圖譜,為未來的頭頸癌研究和治療提供了重要的新線索。

原文鏈接:Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas

 

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